Introduzione Sempre più frequentemente si osserva una eterogeneità clinica, in termini di carico trasfusionale, insorgenza di complicanze e risposta alla terapia, in pazienti beta-talassemici con genotipo identico. E’ noto che variazioni geniche concomitanti alla mutazione beta, come quelle a carico dei geni alfa globinici e dei geni regolatori BCL11A, HBG2 e HBS1L-MYB, modulano il fenotipo in alcuni casi. L’analisi NGS offre la possibilità di identificare nuovi geni e nuove variazioni coinvolte nella modulazione del fenotipo. Materiali e Metodi Lo studio è stato condotto su 2 fratelli affetti da Beta Talassemia Major, con identico genotipo beta -29 A>G /cod8 (-AA) e geni alfa normali con diversa espressività fenotipica. Abbiamo sviluppato un pannello NGS (SOPHiA GENETICS; tecnologia Illumina Miseq) per lo studio dei geni HBB, HBA1, HBA2, HBD, BMP6, BMP2, ERFE, FTL, HAMP, HFE, HJV, SLC11A2, SLC40A1, TFR2, TMPRSS6, PKLR, KFL1, BCL11A. L’analisi dei dati è stata effettuata con tre criteri di ammissione: 1) SNP >20% e INDEL >15%, 2) coverage >50X, 3) esclusione delle varianti off target (SOPHiA DDM®). Risultati Sono state identificate 44 varianti nel pt.1 e 45 del pt.2. Di queste quattro varianti sono presenti solo nel pt.1 (ERFE:c.*889G>C in eterozigosi, SLC40A1:c.*1130A>G in eterozigosi, TMPRSS6:c.-235T>C e TMPRSS6:c.15C>T in omozigosi) e due solo nel pt.2 (SLC40A1:c.663T>C in eterozigosi e TMPRSS6:c.72G>A in eterozigosi). Inoltre 9 varianti comuni (1 in ERFE, 2 in BCL11A, e 6 in TMPRSS6) presentavano differenze nell’assetto genotipico (omozigote/eterozigote). Conclusioni La caratterizzazione genomica individuale rappresenta sempre più una necessità in funzione della comprensione della correlazione tra genotipo/fenotipo in ogni singolo paziente e nella sua potenziale stratificazione prognostica e terapeutica. Un approccio NGS consente lo studio di variazioni a carico di numerosi geni potenzialmente coinvolti nella modulazione del fenotipo talassemico. I nostri dati, seppur preliminari, mostrano che 6 varianti segregano diversamente nei due fratelli. I geni più ricorrentemente coinvolti sono SLC40A1 (=2) e TMPRSS6 (=3). Quest’ultimo presenta anche il maggior numero di differenze nell’assetto genotipico.
Caratterizzazione genotipica di una famiglia con beta-talassemia mediante NGS / Barbanera, Ylenia; Francesco, Arcioni; Grammatico, Paola; Mousa, Qatawneh; Roberta La Starza, ; Maurizio, Caniglia; Cristina, Mecucci; Paolo, Gorello. - (2019). (Intervento presentato al convegno Meeting Club del Globulo Rosso & SITE tenutosi a Mila; Italy).
Caratterizzazione genotipica di una famiglia con beta-talassemia mediante NGS
BARBANERA, YleniaPrimo
;Paola Grammatico;
2019
Abstract
Introduzione Sempre più frequentemente si osserva una eterogeneità clinica, in termini di carico trasfusionale, insorgenza di complicanze e risposta alla terapia, in pazienti beta-talassemici con genotipo identico. E’ noto che variazioni geniche concomitanti alla mutazione beta, come quelle a carico dei geni alfa globinici e dei geni regolatori BCL11A, HBG2 e HBS1L-MYB, modulano il fenotipo in alcuni casi. L’analisi NGS offre la possibilità di identificare nuovi geni e nuove variazioni coinvolte nella modulazione del fenotipo. Materiali e Metodi Lo studio è stato condotto su 2 fratelli affetti da Beta Talassemia Major, con identico genotipo beta -29 A>G /cod8 (-AA) e geni alfa normali con diversa espressività fenotipica. Abbiamo sviluppato un pannello NGS (SOPHiA GENETICS; tecnologia Illumina Miseq) per lo studio dei geni HBB, HBA1, HBA2, HBD, BMP6, BMP2, ERFE, FTL, HAMP, HFE, HJV, SLC11A2, SLC40A1, TFR2, TMPRSS6, PKLR, KFL1, BCL11A. L’analisi dei dati è stata effettuata con tre criteri di ammissione: 1) SNP >20% e INDEL >15%, 2) coverage >50X, 3) esclusione delle varianti off target (SOPHiA DDM®). Risultati Sono state identificate 44 varianti nel pt.1 e 45 del pt.2. Di queste quattro varianti sono presenti solo nel pt.1 (ERFE:c.*889G>C in eterozigosi, SLC40A1:c.*1130A>G in eterozigosi, TMPRSS6:c.-235T>C e TMPRSS6:c.15C>T in omozigosi) e due solo nel pt.2 (SLC40A1:c.663T>C in eterozigosi e TMPRSS6:c.72G>A in eterozigosi). Inoltre 9 varianti comuni (1 in ERFE, 2 in BCL11A, e 6 in TMPRSS6) presentavano differenze nell’assetto genotipico (omozigote/eterozigote). Conclusioni La caratterizzazione genomica individuale rappresenta sempre più una necessità in funzione della comprensione della correlazione tra genotipo/fenotipo in ogni singolo paziente e nella sua potenziale stratificazione prognostica e terapeutica. Un approccio NGS consente lo studio di variazioni a carico di numerosi geni potenzialmente coinvolti nella modulazione del fenotipo talassemico. I nostri dati, seppur preliminari, mostrano che 6 varianti segregano diversamente nei due fratelli. I geni più ricorrentemente coinvolti sono SLC40A1 (=2) e TMPRSS6 (=3). Quest’ultimo presenta anche il maggior numero di differenze nell’assetto genotipico.I documenti in IRIS sono protetti da copyright e tutti i diritti sono riservati, salvo diversa indicazione.
