Il pattern mutazionale del gene CFTR in diverse forme di fibrosi cistica influenza le caratteristiche operative del test genetico

La Fibrosi Cistica ( FC; OMIM 219700) può originare da oltre 1800 diverse variazioni di sequenza del gene CFTR (Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator). Le manifestazioni cliniche sono estremamente variabili, con una relazione tra genotipo e fenotipo spesso poco chiara. L a ricerca mutazionale non è inoltre sempre in grado di rilevare tutte le mutazioni presenti. L'obiettivo specifico di questo lavoro è valutare se le caratteristiche operative del test genetico per FC siano influenzate dalla metodologia di indagine mutazionale eventualmente applicata a diverse forme cliniche di FC. Abbiamo studiato 610 pazienti classificati in 4 popolazioni: 1) FC con insufficienza pancreatica (FC-PI, 354 pazienti); 2) FC con sufficienza pancreatica (FC-PS, 138 pazienti); 3) forme atipiche e/o mono- od oligo-sintomatiche di FC (nel complesso identificate come CFTR-RD, 71 pazienti); 4) assenza bilaterale congenita dei vasi deferenti, quale unica manifestazione clinica monosintomatica (CBAVD, 47 pazienti). La ricerca mutazionale nel CFTR è stata condotta con un approccio multistep volto all'analisi: a) delle 32 mutazioni più frequenti al mondo (saggio CF-OLA, Abbott); b) delle 14 mutazioni più frequenti nell'area geografica specifica (mediante un nostro saggio di primer extension); c) del tratto variante (TG)mTn (mediante un nostro saggio di sequenziamento); d) della regione 5'-prossimale, di tutti gli esoni e delle zone introniche adiacenti (mediante un nostro saggio di sequenziamento); e) delle 7 macro-delezioni più frequenti al mondo (saggio FC-DEL, Nuclear Laser Medicine). Abbiamo evidenziato 125 diversi alleli mutati (tra i quali 11 nuovi e 10 complessi con più di una mutazione in cis), suddivisi in 225 diversi genotipi. Sono state riscontrate differenze significative (chi-quadrato, p<0.0001) tra i pattem mutazionali delle 4 popolazioni analizzate. Questa eterogeneità influenza la detection rate (DR) sia allelica (DRa = proporzione di alleli mutati identificati) che genotipica (DRe = proporzione di genotipi completamente caratterizzati con 2 alleli mutati) dei singoli step della ricerca mutazionale. Ad esempio, gli step di ricerca di pannelli mutazionali (a+b) risultano avere, da soli, un'elevata DRa in FC-PI (0.890), un valore intermedio in FC-PS (0.725), ma valori piuttosto bassi di DRa in CFTR-RD (0.535) e CBAVD (0.255). Aggiungendo gli altri step di ricerca mutazionale (c+d+e) si ottiene un notevole incremento nella DRa in FC-PI (0.993), FC-PS (0.967) e CFTR-RD (0.965), ma un valore di DRa totale comunque limitato in CBAVD (0.564). Non risulta possibile individuare un unico pannello mutazionale che massimizzi la DRa in tutte le popolazioni. Inoltre, solo per la popolazione CF-PI appare possibile individuare un pannello con un numero limitato di mutazioni ed elevata DR. Per ottenere un'elevata DR nelle altre popolazioni è necessaria l'indagine di un elevato numero di mutazioni, anche rare e/o individuali. Oltre a ciò, 19 diversi genotipi mutati sono stati trovati in almeno 2 diverse popolazioni, evidenziando la complessità del rapporto tra genotipo e fenotipo. Questi risultati hanno importanti ricadute sull'organizzazione e interpretazione del test genetico in FC, in particolare per il test del portatore, nonché per la comprensione della relazione tra genotipo e fenotipo.