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Cholangiocarcinoma (CCA) is an aggressive malignancy of the bile ducts, with poor prognosis
and limited treatment options. Here, we describe the integrated analysis of somatic mutations,
RNA expression, copy number, and DNA methylation by The Cancer Genome Atlas, of a set of
predominantly intrahepatic CCA cases, and propose a molecular classification scheme. We
identified an IDH-mutant enriched subtype with distinct molecular features including low
expression of chromatin modifiers, elevated expression of mitochondrial genes, and increased
mitochondrial DNA copy number. Leveraging the multi-platform data, we observed that ARID1A
exhibited DNA hypermethylation and decreased expression in the IDH-mutant subtype. More
broadly, we found that IDH mutations are associated with an expanded histological spectrum of
liver tumors with molecular features that stratify with CCA. Our studies reveal insights into the
molecular pathogenesis and heterogeneity of cholangiocarcinoma and provide classification
information of potential therapeutic significance.
Erratum: Integrative Genomic Analysis of Cholangiocarcinoma Identifies Distinct IDH-Mutant Molecular Profiles (Cell Reports (2017) 18(11) (2780â2794) (S2211124717302140) (10.1016/j.celrep.2017.02.033)) / Farshidfar, Farshad; Zheng, Siyuan; Gingras, Marie Claude; Newton, Yulia; Shih, Juliann; Robertson, A. Gordon; Hinoue, Toshinori; Hoadley, Katherine A.; Gibb, Ewan A.; Roszik, Jason; Covington, Kyle R.; Wu, Chia Chin; Shinbrot, Eve; Stransky, Nicolas; Hegde, Apurva; Yang, Ju Dong; Reznik, Ed; Sadeghi, Sara; Pedamallu, Chandra Sekhar; Ojesina, Akinyemi I.; Hess, Julian M.; Auman, J. Todd; Rhie, Suhn K.; Bowlby, Reanne; Borad, Mitesh J.; Akbani, Rehan; Allotey, Loretta K.; Ally, Adrian; Alvaro, Domenico; Andersen, Jesper B.; Appelbaum, Elizabeth L.; Arora, Arshi; Auman, J. Todd; Balasundaram, Miruna; Balu, Saianand; Bardeesy, Nabeel; Bathe, Oliver F.; Baylin, Stephen B.; Beroukhim, Rameen; Berrios, Mario; Bodenheimer, Tom; Boice, Lori; Bootwalla, Moiz S.; Borad, Mitesh J.; Bowen, Jay; Bowlby, Reanne; Bragazzi, MARIA CONSIGLIA; Brooks, Denise; Cardinale, Vincenzo; Carlsen, Rebecca; Carpino, Guido; Carvalho, Andre L.; Chaiteerakij, Roongruedee; Chandan, Vishal C.; Cherniack, Andrew D.; Chin, Lynda; Cho, Juok; Choe, Gina; Chuah, Eric; Chudamani, Sudha; Cibulskis, Carrie; Cordes, Matthew G.; Covington, Kyle R.; Crain, Daniel; Curley, Erin; De Rose, Agostino Maria; Defreitas, Timothy; Demchok, John A.; Deshpande, Vikram; Dhalla, Noreen; Ding, Li; Evason, Kimberley; Farshidfar, Farshad; Felau, Ina; Ferguson, Martin L.; Foo, Wai Chin; Franchitto, Antonio; Frazer, Scott; Fronick, Catrina C.; Fulton, Lucinda A.; Fulton, Robert S.; Gabriel, Stacey B.; Gardner, Johanna; Gastier Foster, Julie M.; Gaudio, Eugenio; Gehlenborg, Nils; Genovese, Giannicola; Gerken, Mark; Getz, Gad; Giama, Nasra H.; Gibbs, Richard A.; Gingras, Marie Claude; Giuliante, Felice; Grazi, Gian Luca; Hayes, D. Neil; Hegde, Apurva M.; Heiman, David I.; Hess, Julian M.; Hinoue, Toshinori; Hoadley, Katherine A.; Holbrook, Andrea; Holt, Robert A.; Hoyle, Alan P.; Huang, Mei; Hutter, Carolyn M.; Jefferys, Stuart R.; Jones, Steven J. M.; Jones, Corbin D.; Kasaian, Katayoon; Kelley, Robin K.; Kim, Jaegil; Kleiner, David E.; Kocher, Jean Pierre A.; Kwong, Lawrence N.; Lai, Phillip H.; Laird, Peter W.; Lawrence, Michael S.; Leraas, Kristen M.; Lichtenberg, Tara M.; Lin, Pei; Liu, Wenbin; Liu, Jia; Lolla, Laxmi; Lu, Yiling; Ma, Yussanne; Mallery, David; Mardis, Elaine R.; Marra, Marco A.; Matsushita, Marcus M.; Mayo, Michael; Mclellan, Michael D.; Mcree, Autumn J.; Meier, Sam; Meng, Shaowu; Meyerson, Matthew; Mieczkowski, Piotr A.; Miller, Christopher A.; Mills, Gordon B.; Moore, Richard A.; Morris, Scott; Mose, Lisle E.; Moser, Catherine D.; Mounajjed, Taofic; Mungall, Andrew J.; Mungall, Karen; Murray, Bradley A.; Naresh, Rashi; Newton, Yulia; Noble, Michael S.; O'Brien, Daniel R.; Ojesina, Akinyemi I.; Parker, Joel S.; Patel, Tushar C.; Paulauskis, Joseph; Pedamallu, Chandra Sekhar; Penny, Robert; Perou, Charles M.; Perou, Amy H.; Pihl, Todd; Radenbaugh, Amie J.; Ramirez, Nilsa C.; Rathmell, W. Kimryn; Reznik, Ed; Rhie, Suhn K.; Roach, Jeffrey; Roberts, Lewis R.; Robertson, A. Gordon; Sadeghi, Sara; Saksena, Gordon; Sander, Chris; Schein, Jacqueline E.; Schmidt, Heather K.; Schumacher, Steven E.; Shelton, Candace; Shelton, Troy; Shen, Ronglai; Sheth, Margi; Shi, Yan; Shih, Juliann; Shinbrot, Eve; Shroff, Rachna; Simons, Janae V.; Sipahimalani, Payal; Skelly, Tara; Sofia, Heidi J.; Soloway, Matthew G.; Stoppler, Hubert; Stransky, Nicolas; Stuart, Josh; Sun, Qiang; Tam, Angela; Tan, Donghui; Tarnuzzer, Roy; Thiessen, Nina; Thorne, Leigh B.; Torbenson, Michael S.; Van Den Berg, David J.; Veluvolu, Umadevi; Verhaak, Roel G. W.; Voet, Doug; Wan, Yunhu; Wang, Zhining; Weinstein, John N.; Weisenberger, Daniel J.; Wheeler, David A.; Wilson, Richard K.; Wise, Lisa; Wong, Tina; Wu, Chia Chin; Wu, Ye; Xi, Liu; Yang, Ju Dong; Yang, Liming; Zenklusen, Jean C.; Zhang, Hailei; Zhang, Jiashan; Zheng, Siyuan; Zmuda, Erik; Zhu, Andrew X.; Stuart, Josh M.; Sander, Chris; Akbani, Rehan; Cherniack, Andrew D.; Deshpande, Vikram; Mounajjed, Taofic; Foo, Wai Chin; Torbenson, Michael S.; Kleiner, David E.; Laird, Peter W.; Wheeler, David A.; Mcree, Autumn J.; Bathe, Oliver F.; Andersen, Jesper B.; Bardeesy, Nabeel; Roberts, Lewis R.; Kwong, Lawrence N.. - In: CELL REPORTS. - ISSN 2211-1247. - 19:13(2017), pp. 2878-2880. [10.1016/j.celrep.2017.06.008]
Farshidfar, Farshad;Zheng, Siyuan;Gingras, Marie Claude;Newton, Yulia;Shih, Juliann;Robertson, A. Gordon;Hinoue, Toshinori;Hoadley, Katherine A.;Gibb, Ewan A.;Roszik, Jason;Covington, Kyle R.;Wu, Chia Chin;Shinbrot, Eve;Stransky, Nicolas;Hegde, Apurva;Yang, Ju Dong;Reznik, Ed;Sadeghi, Sara;Pedamallu, Chandra Sekhar;Ojesina, Akinyemi I.;Hess, Julian M.;Auman, J. Todd;Rhie, Suhn K.;Bowlby, Reanne;Borad, Mitesh J.;Akbani, Rehan;Allotey, Loretta K.;Ally, Adrian;ALVARO, Domenico;Andersen, Jesper B.;Appelbaum, Elizabeth L.;Arora, Arshi;Auman, J. Todd;Balasundaram, Miruna;Balu, Saianand;Bardeesy, Nabeel;Bathe, Oliver F.;Baylin, Stephen B.;Beroukhim, Rameen;Berrios, Mario;Bodenheimer, Tom;Boice, Lori;Bootwalla, Moiz S.;Borad, Mitesh J.;Bowen, Jay;Bowlby, Reanne;BRAGAZZI, MARIA CONSIGLIA;Brooks, Denise;CARDINALE, VINCENZO;Carlsen, Rebecca;Carpino, Guido;Carvalho, Andre L.;Chaiteerakij, Roongruedee;Chandan, Vishal C.;Cherniack, Andrew D.;Chin, Lynda;Cho, Juok;Choe, Gina;Chuah, Eric;Chudamani, Sudha;Cibulskis, Carrie;Cordes, Matthew G.;Covington, Kyle R.;Crain, Daniel;Curley, Erin;De Rose, Agostino Maria;Defreitas, Timothy;Demchok, John A.;Deshpande, Vikram;Dhalla, Noreen;Ding, Li;Evason, Kimberley;Farshidfar, Farshad;Felau, Ina;Ferguson, Martin L.;Foo, Wai Chin;FRANCHITTO, Antonio;Frazer, Scott;Fronick, Catrina C.;Fulton, Lucinda A.;Fulton, Robert S.;Gabriel, Stacey B.;Gardner, Johanna;Gastier Foster, Julie M.;GAUDIO, EUGENIO;Gehlenborg, Nils;Genovese, Giannicola;Gerken, Mark;Getz, Gad;Giama, Nasra H.;Gibbs, Richard A.;Gingras, Marie Claude;Giuliante, Felice;Grazi, Gian Luca;Hayes, D. Neil;Hegde, Apurva M.;Heiman, David I.;Hess, Julian M.;Hinoue, Toshinori;Hoadley, Katherine A.;Holbrook, Andrea;Holt, Robert A.;Hoyle, Alan P.;Huang, Mei;Hutter, Carolyn M.;Jefferys, Stuart R.;Jones, Steven J. M.;Jones, Corbin D.;Kasaian, Katayoon;Kelley, Robin K.;Kim, Jaegil;Kleiner, David E.;Kocher, Jean Pierre A.;Kwong, Lawrence N.;Lai, Phillip H.;Laird, Peter W.;Lawrence, Michael S.;Leraas, Kristen M.;Lichtenberg, Tara M.;Lin, Pei;Liu, Wenbin;Liu, Jia;Lolla, Laxmi;Lu, Yiling;Ma, Yussanne;Mallery, David;Mardis, Elaine R.;Marra, Marco A.;Matsushita, Marcus M.;Mayo, Michael;Mclellan, Michael D.;Mcree, Autumn J.;Meier, Sam;Meng, Shaowu;Meyerson, Matthew;Mieczkowski, Piotr A.;Miller, Christopher A.;Mills, Gordon B.;Moore, Richard A.;Morris, Scott;Mose, Lisle E.;Moser, Catherine D.;Mounajjed, Taofic;Mungall, Andrew J.;Mungall, Karen;Murray, Bradley A.;Naresh, Rashi;Newton, Yulia;Noble, Michael S.;O'Brien, Daniel R.;Ojesina, Akinyemi I.;Parker, Joel S.;Patel, Tushar C.;Paulauskis, Joseph;Pedamallu, Chandra Sekhar;Penny, Robert;Perou, Charles M.;Perou, Amy H.;Pihl, Todd;Radenbaugh, Amie J.;Ramirez, Nilsa C.;Rathmell, W. Kimryn;Reznik, Ed;Rhie, Suhn K.;Roach, Jeffrey;Roberts, Lewis R.;Robertson, A. Gordon;Sadeghi, Sara;Saksena, Gordon;Sander, Chris;Schein, Jacqueline E.;Schmidt, Heather K.;Schumacher, Steven E.;Shelton, Candace;Shelton, Troy;Shen, Ronglai;Sheth, Margi;Shi, Yan;Shih, Juliann;Shinbrot, Eve;Shroff, Rachna;Simons, Janae V.;Sipahimalani, Payal;Skelly, Tara;Sofia, Heidi J.;Soloway, Matthew G.;Stoppler, Hubert;Stransky, Nicolas;Stuart, Josh;Sun, Qiang;Tam, Angela;Tan, Donghui;Tarnuzzer, Roy;Thiessen, Nina;Thorne, Leigh B.;Torbenson, Michael S.;Van Den Berg, David J.;Veluvolu, Umadevi;Verhaak, Roel G. W.;Voet, Doug;Wan, Yunhu;Wang, Zhining;Weinstein, John N.;Weisenberger, Daniel J.;Wheeler, David A.;Wilson, Richard K.;Wise, Lisa;Wong, Tina;Wu, Chia Chin;Wu, Ye;Xi, Liu;Yang, Ju Dong;Yang, Liming;Zenklusen, Jean C.;Zhang, Hailei;Zhang, Jiashan;Zheng, Siyuan;Zmuda, Erik;Zhu, Andrew X.;Stuart, Josh M.;Sander, Chris;Akbani, Rehan;Cherniack, Andrew D.;Deshpande, Vikram;Mounajjed, Taofic;Foo, Wai Chin;Torbenson, Michael S.;Kleiner, David E.;Laird, Peter W.;Wheeler, David A.;Mcree, Autumn J.;Bathe, Oliver F.;Andersen, Jesper B.;Bardeesy, Nabeel;Roberts, Lewis R.;Kwong, Lawrence N.
2017
Abstract
Cholangiocarcinoma (CCA) is an aggressive malignancy of the bile ducts, with poor prognosis
and limited treatment options. Here, we describe the integrated analysis of somatic mutations,
RNA expression, copy number, and DNA methylation by The Cancer Genome Atlas, of a set of
predominantly intrahepatic CCA cases, and propose a molecular classification scheme. We
identified an IDH-mutant enriched subtype with distinct molecular features including low
expression of chromatin modifiers, elevated expression of mitochondrial genes, and increased
mitochondrial DNA copy number. Leveraging the multi-platform data, we observed that ARID1A
exhibited DNA hypermethylation and decreased expression in the IDH-mutant subtype. More
broadly, we found that IDH mutations are associated with an expanded histological spectrum of
liver tumors with molecular features that stratify with CCA. Our studies reveal insights into the
molecular pathogenesis and heterogeneity of cholangiocarcinoma and provide classification
information of potential therapeutic significance.
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simulazione ASN
Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2023-2025 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.
La presente simulazione è stata realizzata sulla base delle specifiche raccolte sul tavolo ER del Focus Group IRIS coordinato dall’Università di Modena e Reggio Emilia e delle regole riportate nel DM 589/2018 e allegata Tabella A. Cineca, l’Università di Modena e Reggio Emilia e il Focus Group IRIS non si assumono alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione. Si specifica inoltre che la simulazione contiene calcoli effettuati con dati e algoritmi di pubblico dominio e deve quindi essere considerata come un mero ausilio al calcolo svolgibile manualmente o con strumenti equivalenti.