Sequenze di proteine e acidi nucleici

I dati di sequenze proteiche e nucleotidiche sono essenziali per studiare il rapporto struttura-funzione nelle proteine mediante analisi comparative di sequenze, predizione di struttura e così via. L'aumento esplosivo della velocità di determinazione di sequenze (dovuto principalmente all'evoluzione tecnologica) ha posto il problema del mantenimento di tale massa di informazioni in banche dati computerizzate. Si sono aperti nuovi campi di ricerca per rispondere all'esigenza di nuovi algoritmi per l'analisi e l'estrazione efficiente dell'informazione dalle banche. Viene descritto un esempio dei risultati che si possono ottenere con una analisi approfondita delle banche dati di sequenze. E' stato costruito un allineamento multiplo fra tre sequenze di enzimi a piridossal-fosfato strutturalmente omologhe ma evolutivamente distanti per mezzo della sovrapposizione della loro struttura. Il profilo calcolato sulla base di questo allineamento ha potuto rivelare deboli somiglianze con la famiglia della serina idrossimetiltrasferasi (SHMT) e con un gruppo di enzimi piridossal/piridossamina fosfato dipendenti coinvolti nella biosintesi di dideossi e amino zuccheri. Allineamenti di sequenza con il profilo hanno indicato la conservazione di residui funzionalmente importanti. Le indicazioni ottenute per la SHMT sono state verificate e confermate per mezzo di esperimenti di mutagenesi sito-specifica.