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Malaria elimination strategies require surveillance of the parasite population for genetic changes that demand a public health response, such as new forms of drug resistance(1,2). Here we describe methods for the large-scale analysis of genetic variation in Plasmodium falciparum by deep sequencing of parasite DNA obtained from the blood of patients with malaria, either directly or after short-term culture. Analysis of 86,158 exonic single nucleotide polymorphisms that passed genotyping quality control in 227 samples from Africa, Asia and Oceania provides genome-wide estimates of allele frequency distribution, population structure and linkage disequilibrium. By comparing the genetic diversity of individual infections with that of the local parasite population, we derive a metric of within-host diversity that is related to the level of inbreeding in the population. An open-access web application has been established for the exploration of regional differences in allele frequency and of highly differentiated loci in the P. falciparum genome.
Analysis of Plasmodium falciparum diversity in natural infections by deep sequencing / Magnus, Manske; Olivo, Miotto; Susana, Campino; Sarah, Auburn; Jacob Almagro, Garcia; Gareth, Maslen; Jack, O'Brien; Abdoulaye, Djimde; Ogobara, Doumbo; Issaka, Zongo; Jean Bosco, Ouedraogo; Pascal, Michon; Ivo, Mueller; Peter, Siba; Alexis, Nzila; Steffen, Borrmann; Steven M., Kiara; Kevin, Marsh; Hongying, Jiang; Xin Zhuan, Su; Chanaki, Amaratunga; Rick, Fairhurst; Duong, Socheat; Francois, Nosten; Mallika, Imwong; Nicholas J., White; Mandy, Sanders; Elisa, Anastasi; Dan, Alcock; Eleanor, Drury; Samuel, Oyola; Michael A., Quail; Daniel J., Turner; Valentin Ruano, Rubio; Dushyanth, Jyothi; Lucas Amenga, Etego; Christina, Hubbart; Anna, Jeffreys; Kate, Rowlands; Colin, Sutherland; Cally, Roper; Mangano, Valentina; Modiano, David; John C., Tan; Michael T., Ferdig; Alfred Amambua, Ngwa; David J., Conway; Shannon Takala, Harrison; Christopher V., Plowe; Julian C., Rayner; Kirk A., Rockett; Taane G., Clark; Chris I., Newbold; Matthew, Berriman; Bronwyn, Macinnis; Dominic P., Kwiatkowski. - In: NATURE. - ISSN 0028-0836. - STAMPA. - 487:7407(2012), pp. 375-379. [10.1038/nature11174]
Analysis of Plasmodium falciparum diversity in natural infections by deep sequencing
Magnus Manske;Olivo Miotto;Susana Campino;Sarah Auburn;Jacob Almagro Garcia;Gareth Maslen;Jack O'Brien;Abdoulaye Djimde;Ogobara Doumbo;Issaka Zongo;Jean Bosco Ouedraogo;Pascal Michon;Ivo Mueller;Peter Siba;Alexis Nzila;Steffen Borrmann;Steven M. Kiara;Kevin Marsh;Hongying Jiang;Xin Zhuan Su;Chanaki Amaratunga;Rick Fairhurst;Duong Socheat;Francois Nosten;Mallika Imwong;Nicholas J. White;Mandy Sanders;Elisa Anastasi;Dan Alcock;Eleanor Drury;Samuel Oyola;Michael A. Quail;Daniel J. Turner;Valentin Ruano Rubio;Dushyanth Jyothi;Lucas Amenga Etego;Christina Hubbart;Anna Jeffreys;Kate Rowlands;Colin Sutherland;Cally Roper;MANGANO, VALENTINA;MODIANO, David;John C. Tan;Michael T. Ferdig;Alfred Amambua Ngwa;David J. Conway;Shannon Takala Harrison;Christopher V. Plowe;Julian C. Rayner;Kirk A. Rockett;Taane G. Clark;Chris I. Newbold;Matthew Berriman;Bronwyn Macinnis;Dominic P. Kwiatkowski
2012
Abstract
Malaria elimination strategies require surveillance of the parasite population for genetic changes that demand a public health response, such as new forms of drug resistance(1,2). Here we describe methods for the large-scale analysis of genetic variation in Plasmodium falciparum by deep sequencing of parasite DNA obtained from the blood of patients with malaria, either directly or after short-term culture. Analysis of 86,158 exonic single nucleotide polymorphisms that passed genotyping quality control in 227 samples from Africa, Asia and Oceania provides genome-wide estimates of allele frequency distribution, population structure and linkage disequilibrium. By comparing the genetic diversity of individual infections with that of the local parasite population, we derive a metric of within-host diversity that is related to the level of inbreeding in the population. An open-access web application has been established for the exploration of regional differences in allele frequency and of highly differentiated loci in the P. falciparum genome.
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Utilizza questo identificativo per citare o creare un link a questo documento: https://hdl.handle.net/11573/460175
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simulazione ASN
Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2023-2025 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.
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