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EnglishInformation on protein internal motions is usually obtained through the analysis of atomic mean-square displacements, which are a measure of variability of the atomic positions distribution functions. We report a statistical approach to analyze molecular dynamics data on these displacements that is based on probability distribution functions. Using a technique inspired by the analysis of variance, we compute unbiased, reliable mean-square displacements of the atoms and analyze them statistically. We applied this procedure to characterize protein thermostability by comparing the results for a thermophilic enzyme and a mesophilic homolog. In agreement with previous experimental observations, our analysis suggests that the proteins surface regions can play a role in the different thermal behavior.
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| Titolo: | Atomic mean-square displacements in proteins by molecular dynamics: A case for analysis of variance |
| Autori: | |
| Data di pubblicazione: | 2004 |
| Rivista: | |
| Handle: | http://hdl.handle.net/11573/31662 |
| Appartiene alla tipologia: | 01a Articolo in rivista |
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