Il microbiota nasale nelle bronchioliti da Virus Respiratorio Sinciziale

ABSTRACT Introduzione: La bronchiolite è l’infezione virale più comune nei bambini al di sotto del primo anno di vita. La presenza del virus nell’ecosistema nasale potrebbe avere un impatto sul microbiota nasale, così come il microbiota potrebbe interagire con l’attività del virus. Tali reciprocità potrebbero avere delle conseguenze, andando a influenzare sia la severità della patologia, sia la risposta immunitaria dell’ospite. Obiettivi dello studio: Caratterizzare il microbiota nasale in bambini ricoverati per bronchiolite ed evidenziare eventuali differenze tra bambini con Virus Respiratorio Sinciziale (VRS +) e bambini con bronchiolite virus negativa (virus -) e tra i bambini con VRS di gruppo A e B. Materiali e metodi: Abbiamo arruolato 81 pazienti con età inferiore a 6 mesi ricoverati per bronchiolite virale durante tre stagioni epidemiche (ottobre 2015 - maggio 2018). La ricerca del virus con conseguente caratterizzazione del genotipo è stata fatta su aspirato nasofaringeo. La caratterizzazione del microbiota è stata fatta dal DNA totale estratto dai lavaggi nasali, che è stato utilizzato come stampo per l’amplificazione della regione V3-V4 del gene batterico codificante l’RNA 16s, tramite PCR. I prodotti di PCR sono stati sequenziati tramite Next Generation sequensis (NGS) su piattaforma Illumina Miseq. Con l’utilizzo di software dedicati abbiamo ripulito le sequenze ottenute dall’NGS ed abbiamo effettuato la valutazione dell’α e β diversità (indici di Simpson, Shannon e Observed Otus) al fine di mettere a confronto la composizione del microbiota nasale nei diversi gruppi studiati (VRS vs Virus - e VRS-A vs VRS-B). Risultati: Il microbiota nasale è risultato differente tra i pazienti bronchiolite da VRS e pazienti virus negativi in maniera statisticamente significativa. Nel gruppo VRS, è presente una minore alfa diversità con specie discriminante lo Streptococcus Pneumoniae per il gruppo VRS e il Kineothrix Alysoides per il gruppo virus negativo. Differenze significative nella composizione del microbiota nasale sono state evidenziate, per la prima volta, anche tra il gruppo VRS-A e il gruppo VRS-B. Le specie discriminanti sono il Clostridium Indolis per il gruppo VRS-A e l’Haemophilus Haemolyticus per il gruppo VRS-B. Conclusioni: I nostri risultati dimostrano che il microbiota nasale distingue i pazienti VRS, rispetto ai pazienti virus negativi. Inoltre evidenzia, per la prima volta, che anche il sottotipo del VRS sembra interferire significativamente con il microbiota nasale. Tali differenze potrebbero giocare un ruolo cruciale nella suscettibilità allo sviluppo di bronchiolite e/o nel differente decorso clinico. Studi futuri, su una popolazione più vasta, potrebbero modificare la teoria virus centrica della bronchiolite verso una più attuale teoria dell’interazione virus – microbiota - sistema immunitario.