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: This chapter introduces how to run molecular dynamics simulations for DNA origami using the oxDNA coarse-grained model.
The oxDNA Coarse-Grained Model as a Tool to Simulate DNA Origami / Doye, Jonathan P K; Fowler, Hannah; Prešern, Domen; Bohlin, Joakim; Rovigatti, Lorenzo; Romano, Flavio; Šulc, Petr; Wong, Chak Kui; Louis, Ard A; Schreck, John S; Engel, Megan C; Matthies, Michael; Benson, Erik; Poppleton, Erik; Snodin, Benedict E K. - (2023), pp. 93-112. - METHODS IN MOLECULAR BIOLOGY. [10.1007/978-1-0716-3028-0_6].
The oxDNA Coarse-Grained Model as a Tool to Simulate DNA Origami
Doye, Jonathan P K;Fowler, Hannah;Prešern, Domen;Bohlin, Joakim;Rovigatti, Lorenzo;Romano, Flavio;Šulc, Petr;Wong, Chak Kui;Louis, Ard A;Schreck, John S;Engel, Megan C;Matthies, Michael;Benson, Erik;Poppleton, Erik;Snodin, Benedict E K
2023
Abstract
: This chapter introduces how to run molecular dynamics simulations for DNA origami using the oxDNA coarse-grained model.
Coarse-grained models; DNA origami; Molecular simulation
02 Pubblicazione su volume::02a Capitolo o Articolo
The oxDNA Coarse-Grained Model as a Tool to Simulate DNA Origami / Doye, Jonathan P K; Fowler, Hannah; Prešern, Domen; Bohlin, Joakim; Rovigatti, Lorenzo; Romano, Flavio; Šulc, Petr; Wong, Chak Kui; Louis, Ard A; Schreck, John S; Engel, Megan C; Matthies, Michael; Benson, Erik; Poppleton, Erik; Snodin, Benedict E K. - (2023), pp. 93-112. - METHODS IN MOLECULAR BIOLOGY. [10.1007/978-1-0716-3028-0_6].
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simulazione ASN
Il report seguente simula gli indicatori relativi alla propria produzione scientifica in relazione alle soglie ASN 2023-2025 del proprio SC/SSD. Si ricorda che il superamento dei valori soglia (almeno 2 su 3) è requisito necessario ma non sufficiente al conseguimento dell'abilitazione. La simulazione si basa sui dati IRIS e sugli indicatori bibliometrici alla data indicata e non tiene conto di eventuali periodi di congedo obbligatorio, che in sede di domanda ASN danno diritto a incrementi percentuali dei valori. La simulazione può differire dall'esito di un’eventuale domanda ASN sia per errori di catalogazione e/o dati mancanti in IRIS, sia per la variabilità dei dati bibliometrici nel tempo. Si consideri che Anvur calcola i valori degli indicatori all'ultima data utile per la presentazione delle domande.
La presente simulazione è stata realizzata sulla base delle specifiche raccolte sul tavolo ER del Focus Group IRIS coordinato dall’Università di Modena e Reggio Emilia e delle regole riportate nel DM 589/2018 e allegata Tabella A. Cineca, l’Università di Modena e Reggio Emilia e il Focus Group IRIS non si assumono alcuna responsabilità in merito all’uso che il diretto interessato o terzi faranno della simulazione. Si specifica inoltre che la simulazione contiene calcoli effettuati con dati e algoritmi di pubblico dominio e deve quindi essere considerata come un mero ausilio al calcolo svolgibile manualmente o con strumenti equivalenti.
